[GROMACS]请问能否通过gromacs做氘代分子的MD模拟？
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[GROMACS]
请问能否通过gromacs做氘代分子的MD模拟？
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发表于 Post on 2024-8-29 17:01:01
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各位大神好~
最近想通过MD研究氘代前后有机分子堆积情况和分子间的相互作用
按照通常MD的流程，使用sobtop构建了.itp和.top文件
但是发现不管是输入的.mol2还是.输出的.itp文件中都没有区分H和D，.top中只有一种类型的H，质量用的是考虑的同位素分布的质量
查了力场后发现，通常有机分子用的GAFF力场也没考虑同位素的影响
请问各位大神有方法可以做氘代分子的MD嘛？十分感谢！！！
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sobereva
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发表于 Post on 2024-8-30 07:53:34
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不要自己在标题里手写【求助】这种标签，http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html里明确说了。这次给你改了，以后注意
除非你专门对不同同位素优化力场参数（例如专门有文章给重水优化参数以重现重水的性质），从GAFF等普通的力场层面来说，同位素的不同只影响原子质量，完全不影响任何其它参数。原子质量自己在[atoms]里手动设就完了
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楼主 Author|
发表于 Post on 2024-8-30 09:21:40
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sobereva 发表于 2024-8-30 07:53
不要自己在标题里手写【求助】这种标签，http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html里明确说了。这次给 ...
收到，谢谢sob老师~我按您的方法试一下。
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